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而朱大典在得知汝宁军的淮南大捷以后，立刻也清点大军奔赴淮河淮南段。当他们赶到之后，立刻被满河、满地的尸体给震惊了。这要多么强悍的军队才能够获得这样的战果啊？
不过震惊以后就是大喜，这尸体虽然被河流冲掉了一部分，但遗留下的也有近三万，这些可都是被他们认为吹牛的吴世恭送给他们的啊！
于是马上开始了割取首级、掩埋尸体的工作，接着一篇洋洋洒洒的淮南大捷奏章，也在朱大典亲自主笔下炮制完成了。
而朱大典部的行动，也给庐州城下的农民造反军带来了极大的恐慌。他们认为朱大典是带着重兵来援了。所以此时的形势对农民造反军有着极大的不利，迫于无奈，农民造反军也只能够放弃攻打庐州，遂于二月初三晨，张献忠命令部队撤围，转攻巢县。
此时连连战败的张献忠部士气有些低落。可张献忠由庐州退走，转向江北一带，却一举攻克了巢县。
巢县位于安徽北部，远离凤阳。张献忠不动声色，出其不意地到达，这时在此任知县的是严宽，有人向他报告说有贼兵来到，他不假思索喝令左右对报信人进行鞭笞。不久，他再次得知义军已到城下是实情，吓得是魂不附体，坐着轿子就仓皇出逃，可刚至城北门，正好遇到农民造反军，顿时成为俘虏。
而农民造反军进入城内，杀了知县严宽，夺取了知县的大印，打开监狱，放出关押在牢里的二百余人，凡是愿意参加农民造反军的。都发给他们衣服、武器。
进而农民造反军出战舒城、无为、**、潜山、太湖、宿松等地，连连告捷。张献忠部也获得大量的给养，并扩充了大量的兵源，整支队伍又象吹气球般的扩充到了十万出头。这支农民造反军又完全活了过来了。
而此时朝廷的谕令也到达了明军的朱大典部。朱大典被调任凤阳巡抚。于是他率领着燕定山等漕兵部队返回了凤阳上任。
而骆公公则被免去了南京镇守太监的差事，他面临着将是冷宫生涯了，南京京营也将返回南京城。至于左良玉等明军，他们将加入到五省总督洪承畴的围剿大军中。
不过这一切都暂时影响不到吴世恭了，因为现在的战区也远离了汝宁军的控制区。而回到汝宁军本部的吴世恭，他要做的首要工作就是理顺汝宁军的指挥系统。
在这次征战的自我总结中，吴世恭认为汝宁军无论是把握战机、临场指挥；还是选择战术、士兵战技运用等方面都做的不错。就是风纪、风貌和勇敢程度等方面也都是值得夸奖的。甚至有些方面做的是相当出色。
唯一出现的问题就是汝宁军的最高指挥系统有些缺憾。也就是说，吴世恭发现了现在的汝宁军有些四肢发达、头脑简单。
为什么表现如此出色的汝宁军，非但没有在与农民造反军的作战中取得决定性的胜果，反而是被农民造反军调动得疲于奔命，甚至自己的汝南和归德都受到了残害。最后都导致了中都凤阳陷落了呢？
有着农民造反军确实势大，汝宁军兵力不足的原因；也有着情报闭塞、友军无作为的原因。可是吴世恭不是一个喜欢推卸责任的人。他就是要从自身找出缺点并予以弥补。
追述到源头。吴世恭发现此次征战的被动，就是因为自己判断错误了农民造反军的进攻路线。虽然这种自责有些苛刻了，因为神仙也想不到农民造反军竟然会采取三路齐攻的战略。可是吴世恭还是认为自己的汝宁军有着很大的不足。
如果汝宁军在战前制定好了所有可能发生情况的作战计划，就算是吴世恭判断有误，那些地方部队也能够及时按照作战计划来应变，至少没有现在这么大的损失。甚至能够把危险的苗头扼杀在萌芽状态。
所以此次吴世恭归来的首要事务就是成立一个类似于后世的总参谋部的机构，把汝宁军的一切作战事务都归于这个机构来处理。不要再让吴世恭单独承担最高的指挥任务了，而且要群策群力，在一大帮参谋的献策下。完善所有的作战计划。
值得肯定的是，吴世恭确实是位学习能力相当强的人，他确实能够从每次经历中获取经验并且迅速地成长。
吴世恭算是摸到了现代战争的门槛。因为做为现代战争始作俑者的德国，他的成立标志恰恰就是建立了赫赫有名的德军总参谋部。
而德军的总参谋部除了负责军中一切事务以外，他最大的作用就是两点：
一点就是作战计划的制定。比如说一战中有名的施里芬计划。虽然有位德军将领曾经开玩笑地说过：任何军事计划在开展的第一天，你都会发觉他的论据是错误的。
可是只要有计划，那总能够控制战争的进程，只要能够发挥自己军队的长处，总能够达到自己的战略目标的。
另外一点就是军官团的培养了。在德军中，军校培养的最优秀的军事学员并不是分配到作战部队中去的。他们都会到总参谋部，做为高级将领的勤务兵。
虽然也要做些送水倒茶的琐事，可是这些勤务兵都能够从那些高级军官的言传身教中，学到很多书本上学不到的宝贵经验。
在一段时间后，这些勤务兵才下放到德军中做为基层军官。等到那些基层军官相互竞争，再次出现出类拔萃者以后，德军将会再次把这些军官送入总参谋部做参谋。
就这么反复地从基层到总部来回培养，导致这些军官即有着丰富的带兵经验，又能够在国家全局的角度看待战略问题，所以在第一、第二次世界大战中，德军成立了这世界上首屈一指的强大陆军。而德军总参谋部培养的军官团也是在其中功不可没的。
因此，许多军事专家认为在二次世界中，德军最出色的军事将领并不是隆美尔，因为他从来没有进入过德军的总参谋部。虽然笔者对此观点有些不敢苟同，但是也不得不承认隆美尔的战略眼光确实有些欠缺。
依笔者来看，二次世界中最出色的德军将领有俩位，不是古德里安和曼斯坦因，而是空军元帅凯塞林和陆军元帅莫德尔。
这俩位名气不大的元帅知道的人不多，可是相比较他们的战功来说，真是有些明珠暗投了。至于他们的生平有兴趣的书友可以度娘一下，你会猛然发现，原来这么多赫赫有名的战役竟然都是他们指挥的。而这俩位元帅恰恰都是德军总参谋部培养出来的佼佼者。
其实原来在吴世恭的亲兵队中，也有了德军总参谋部培养军官的雏形。虽然吴世恭在现代并没有什么军事知识，但是在信息社会中，总能够在各种媒体中有意无意地获取一些军事信息，因此他有了建立起这种类似于现代军队指挥系统的想法，也是根本不出乎意料的。
更令人欣喜的是，吴世恭还决定走出了这一步，因此，汝宁军这台战争机器也终于安装上了大脑了。
既然决定了要建立这么个机构，那就先起个名字。沿用“总参谋部”这个现代名词肯定不行，否则的话，吴世恭将要浪费大量的唾沫向他人解释。
于是吴世恭就想出了一个中规中矩的名称——军令司。不过相对于吴世恭那蛋疼的起名水平，起这样一个名字已经是他超水平发挥了。
至于军令司的司长，那肯定就是薛永利了。在以前的汝宁军中，薛永利和周巡虽然是正副统领，看起来权力也很大，但是他俩都不实际掌握着军队。
而在汝宁军作战的时候，又往往都是吴世恭亲征，他俩在很多时候也都是作为吴世恭的副手出现的。因此有些浪费了这两个人才。
而这次理顺汝宁军的指挥系统，吴世恭也决定把薛永利和周巡放到合适的位置上去。
接着就是为薛永利挑选副手了。吴世恭意向于四人，分别是楚格、书墨、冈萨雷斯和薛存义。
楚格脑子较灵活；书墨善于攻防战；冈萨雷斯对于炮兵和水师有着经验；而薛存义则会成为军队du li情报部门的负责人。
这次吴世恭也发现山川司在情报工作中做得太杂了，导致汝宁军得到北路农民造反军来犯的消息较晚。所以这次索性建立军队du li的情报机构，再把山川司中绘制地图的部门和人员划归过来，这样反而能够效率更高，而且能够形成情报机构之间的竞争和相互监督。
当然，吴世恭对于这个人员配备也是用心良苦。因为除了薛存义，其他三位副司长都不是原先薛府护卫的出身。
此外，军令司也将再建立其他三个部门。一个负责后勤；一个负责医护，包括医师和兽医的管理；一个负责兵器装备。而这三个部门将如何配备，也将等到军令司成立以后再说了。。)